茅山派的一些支流派别分有:
风火红
风火院
真心威灵教
茅山法主五雷教
灵蛇教
青龙教
观音金桥大法教
青竹教
西天雄文堂
天音教
上清宗
破衣教 
七十三教
白莲教
茅山跟六壬的关系推溯:
茅山句容是三茅真君修炼得道的地方，三茅真君之高祖茅蒙曾向六壬仙师学习仙家之术，传至三茅真君再集上清之法，直到上清派第九代宗师陶弘景由衪创立了茅山派，又名上清茅山派。最后龙虎山、茅山、合皂山三滴血派、由正一宗统领天下道教，永管天下道教事。因此可见茅山派实实在在是道教中之名门正派。

六壬仙师是战国时期楚国人，非众人所说的唐代国师李淳风祖师（中华道人），李淳风祖师只是传六壬门六韬圣法中之历代祖师其中之一人矣，六壬历代祖师匀为隐士、山人自居，并未见有立派，只有以门为称，所以可称之为六壬门，所以在道藏内道教派系并没有六壬派。在东汉顺帝时由张道陵创立了天师道至汉末道教的成立，再授皇命天师道统领天下道教事，并统一三山符箓，在六韬圣法中六艺之一符箓之术当时也须归纳入天师道内统一，所以当时天师道收集了诸家门派的符箓，并开始了各门各派须到天师府授领法箓才可称为道教派系之今。
在道教法派流传的历程中到今，主要分别有神霄派、清微派、上清派三大雷法主流，这三派的体系不是指山头主意的派系，衪们就好像水的形态，分散在道教不同的门派中，简单说衪们是（心法）是帮助修法者的一套功法。例如茅山派，衪们自身本有自己茅山派传下的法门，再吸纳了上清之法，成为道教法派的茅山上清派，在法箓中，上清箓也是最高的法箓，所以正宗的茅山派是以上清派为主。
但为甚么现今的民间茅山派会有那么不同的教派，这可是历史的遗下的问题，是因为政治文革的影响，道教法派的流传曾有一段长时间的静止，使法脉承传有道教层面转流落民间流传，失去了祖庭的上清法脉，渐渐人流各散，自立新派，各自为教，成为了不同的派别，但茅山根还在，又或是茅山派之威名实实在在是根深民心，所以外为茅山之名内而非故了。但从国家对宗教的开放，茅山上清法脉的承传又开枱流传，在我所知所见，很多海外内的茅山子弟，都纷纷回归茅山接脉绩承，重怀祖庭。